依托近年來開展的高校主要領導干部經濟責任審計和預算執行審計、高校科研經費專項審計等資料，對高校科研經費管理進行研究。發現高校在項目申報方面存在重復申報、多頭申報，科研項目財務支出不合理、不合規；在項目管理方面存在重立項輕結題以及科研不誠信現象；在體制機制方面存在科技政策執行不徹底、配套制度不完善；在科研資源使用績效方面存在各類科研平臺多而雜、實驗設備使用效率不高；在科技成果轉化方面存在脫離實際應用、轉化效率不高等經費管理問題。造成這些問題的主要原因是思想認識不到位、制度建設相對滯后、高校評價體系不科學、信息共享不及時不充分等。針對以上問題及原因，提出在科研經費管理中要強化科研項目全流程監管，提升資源配置效率；加強政策解讀與執行監督，提升科研管理規范化水平；建立科研平臺統一管理機制，提升資源利用效率；加強科研體系建設，增強科研團隊力量；加強審計監督，提升科研經費使用績效，多措并舉實現高校科研經費合規高效使用。